工程延誤

2014年4月15日，港鐵公布廣深港高鐵香港段工程因為於同年3月30日發生的一場黑色暴雨，其200年一遇的巨大雨量使元朗七星崗至大江埔一段隧道附近斜坡的護土牆沖毁，泥石沖入工地雨水渠，導致雨水湧入隧道，令隧道內的鑽挖機嚴重損壞，必需更換所有電子組件才能運作。港鐵與承建商研究應否修復鑽挖機或採用其他鑽挖方法，但會令工程延誤達9個月。

發布會當天，港鐵亦首次披露西九龍總站近海的石層風化程度大，鑽探有盲點，地底石層較預期水平更高，需要花更多時間清理。佐敦道路段地底則有大量巨大孤石和未有紀錄的公共管道，必須先移除。接近深圳河的過境路段需經過受保護的濕地地底，土層不穩定兼無法確定溶洞位置，令工程進展極度緩慢。港鐵預計，綜合上述多項原因，高鐵主要工程將延至2016年完成，2017年才能投入服務。

運輸及房屋局局長張炳良對港鐵的回應表示非常驚訝及失望，他指出，直至2013年年底，在港鐵定期提交的工程進展報告中，曾評估廣深港高速鐵路香港段工程可以於2015年竣工，對延誤的消息感到意外，並且要求港鐵就工程延誤提交全面評估報告，及贊成由路政署署長作獨立審視。

早在2013年已有傳聞指高鐵工程會延誤和超支，但當時港鐵一直否認，強調可按照原定目標，即於2015年內完成，2016年通車。港鐵公布工程延誤後，有前高鐵建築工人表示早在一年前知道工程沒可能如期完成，因為工人收到的圖則及工序不時出錯，令進度膠着，曾每日只能工作兩、三小時。

港鐵亦沒有回應甚麼時候知悉有地質問題、為何不盡早公布、是否涉及隱瞞和事前勘察不足，只是表示高鐵是複雜、艱鉅的工程，有許多未能預知的障礙和挑戰。至於延誤會否導致工程超支，港鐵表示有為大型工程預備應急款項，並會謹慎利用。