臨危受命重返政壇：出任政務司司長

2005年，曾蔭權接任香港特別行政區行政長官。為了穩固管治班底，他力邀當時已經退休的許仕仁重出江湖，並向國務院提名他出任政務司司長。同年6月30日，隨著國務院正式宣佈任命，許仕仁於同日下午在政府總部宣誓就職，迎來了其政治生涯的另一高峰。

2005年，國務院正式宣佈任命許仕仁政務司司長。

作為特區政府問責團隊的「第一把交椅」，許仕仁順理成章地成為了行政長官的得力助手。在任期間，他不僅就各項重大政策事務提供專業意見、協助管治香港，更親自披掛上陣，協助政府全力推動備受關注的政制改革。

不過，這位政壇老將從上任之初便向外界亮出了自己的「兩年期限」，明言在2007年7月新一屆政府上場時便會功成身退。儘管當時政界對他續任的猜測與傳言不斷，他依然信守承諾，於2007年政府換屆時正式卸下政務司司長一職。然而，他並未立刻完全淡出權力核心，而是轉任行政會議非官守成員，繼續為政府出謀獻策，直至2009年1月才正式離任。

在重返政壇的這段期間，許仕仁的影響力也獲得了學界與國家的認可。2007年4月，他獲香港大學頒授名譽社會科學博士學位；翌年（2008年），他更進一步躋身國家級政治舞台，獲委任為全國政協常委。